《三国群英传5》在内政上也进行了全面的调整，让玩者能够更轻松地管理大小国政。其中最大的改变在于建物能够指派不同的部队，同时进行开发、训练、征兵、征税等内政工作。至于实施内政的效果及成功率，则和执行部队所持有的能力成正比。
五代也加入了外交功能，可和其它君主进行更多样的互动，甚至可离间敌方君主与其麾下武将，让自己可以搜罗到更宝贵的人才。而只要能够和大国维持良好的外交度，对方便不会轻易开战；就算双方不幸发生冲突，也还有机会赎回被俘虏的重要将领。
随着国土的扩张，诸多琐事也会变得愈来愈繁杂，为此《三国群英传5》特别规划了每隔三个月执行一次的「季内政」。玩者在季内政模式中好整以暇地处理诸如：官职册封、装备更换、物品买卖、招降敌将等军务。同时提供了如「全员册封」等方便的自动处理功能，可轻松地将大批的册封与招降等军务处理完毕。